菌落计数器主要用于微生物、菌落总数的自动计数分析，快速有效替代半自动计数菌落的落后工作方式。性能强、操作傻瓜化、价格低廉的优点，并大幅提高了拍照成像的便捷性和用户体验，受到广泛追捧和欢迎，已成为千家万户微生物室的自动计数通用工具。
1、连接电源，打开仪器，开机，将培养好的平皿置于观测台上。
2、双击桌面上的菌落计数图标，打开分析软件，选择已采集到的菌落图像。
3、在快捷栏目找到菌落分析图标。
4、点‘否’进入手动设置。
5、选择，选择区域，范围，滤波，计数，保存，自上向下，逐项设置.
6、在选择里，设置颜色，轮廓形式，标注形式，标注颜色，背景式样，除边界，预处理，填充漏洞，根据需要来设置相应的参数。
7、将灵敏度调节到合适位置，使其大部分的菌落在其范围内。然后关闭窗口往下设置。在滤波中点击所要测量的结果；
8、计数
9、手动切割菌落。以上计数结合可结合肉眼识别，当发现两个菌落粘在一起，系统默认为一个菌落时，可进行手动切割。
10、在编辑里选择分离群体，点左键划线切割---右键退出---确定。
11、当用肉眼识别发现一个菌落不规则，系统自动计成两个时，在编辑里合并群体（删除重复计数）。
12、点左键画区域---右键退出---确定，总数会改变计数结果。
13、在查看栏观察；测量数据，分类，统计表。
14、保存实验结果,在查看里面，点开保存设置，然后选择保存路径和Excel即可。